Hűtlen kezelés gyanújával rendelt el nyomozást a Készenléti Rendőrség Nemzeti Nyomozó Iroda a Szuverenitásvédelmi Hivatal 2024 és 2026 közötti kommunikációs költései miatt. Az Országos Rendőr-főkapitányság pénteki tájékoztatása szerint a hatóságok a hivatal vitatott pénzügyi tranzakcióit vizsgálják, ami újabb fejezetet nyit a kormányváltás óta felerősödött intézményi viták sorában. A Magyar Péter vezette Tisza Párt által irányított kormányzati környezetben a szervezet működése már régóta a kritikák kereszttüzében áll, mivel az új kabinet határozottan fellép az előző ciklusban létrehozott, vitatott jogosítványú állami szervek ellen.
A bűnügyi ellemzésekre és a hivatal elleni feljelentésre reagálva Havasi Bertalan, az ellenzékbe szorult Fidesz kommunikációs igazgatója éles közleményben kelt a szervezet védelmére, hangsúlyozva, hogy a hivatalt nem felszámolni, hanem éppen megerősíteni kellett volna a jelenlegi geopolitikai kihívások közepette. A Fidesz álláspontja szerint a nyomozás hátterében nem szakmai, hanem tisztán politikai motivációk állnak, és Havasi szerint a Tisza Párt valójában magát a magyar önrendelkezést akarja gyengíteni. A kormánypárti narratívával szemben az ellenzéki politikusok kitartanak amellett, hogy a hivatal eddigi feltárásai sikeresen leplezték le a külföldről finanszírozott, dezinformációs kampányokat folytató hálózatokat.