A Nemzeti Nyomozó Iroda hűtlen kezelés gyanújával nyomozást rendelt el a Szuverenitásvédelmi Hivatal 2024 és 2026 közötti kommunikációs költéseivel összefüggésben, miután az ügyben feljelentés érkezett a hatóságokhoz. Az Országos Rendőr-főkapitányság pénteki tájékoztatása szerint a Készenléti Rendőrséghez tartozó nyomozó hatóság az intézmény gazdálkodását és a kérdéses időszak szerződéseit vizsgálja, feltárva az állami források felhasználásának jogszerűségét.
A feljelentésre és a hatósági eljárásra az ellenzéki Fidesz kommunikációs igazgatója, Havasi Bertalan az MTI-hez eljuttatott közleményében reagált, bírálva a hivatal megszüntetését. A politikus álláspontja szerint az országot érő keleti és nyugati biztonsági kihívások idején az intézményt megerősíteni kellett volna, ahelyett, hogy a kormányzat politikai támadásoknak tette volna ki azt. Havasi kijelentette, hogy a Magyar Péter vezette kormánynak valójában nem magával az intézménnyel, hanem a magyar szuverenitással van vitája, miközben az érintett hatóság fennállása óta a nemzeti önrendelkezést védte.